Fundusze ETF są niezwykle konkurencyjnymi kosztowo produktami finansowymi w porównaniu do tradycyjnych, aktywnie zarządzanych funduszy inwestycyjnych. Dotyczy to zarówno opłat manipulacyjnych (dystrybucyjnych), jak i kosztów zarządzania.

Nabywając tytuły uczestnictwa ETF inwestor nie ponosi opłaty manipulacyjnej, która występuje zazwyczaj w przypadku nabywania jednostek uczestnictwa klasycznych funduszy inwestycyjnych (za wyjątkiem stosunkowo niewielkiej grupy funduszy bezprowizyjnych - tzw. no-load funds) - może ona sięgać nawet 5%. Również w przypadku sprzedaży ETF nie są pobierane opłaty umorzeniowe, podczas gdy część tradycyjnych funduszy inwestycyjnych pobiera od uczestników opłaty manipulacyjne przy odkupywaniu jednostek uczestnictwa. Zamiast tego inwestor kupując lub sprzedając fundusze ETF na giełdzie zmuszony jest zapłacić prowizję, tak jak w przypadku innych papierów wartościowych notowanych na giełdowym parkiecie. Stawki prowizji są jednak zdecydowanie niższe niż stawki opłat manipulacyjnych pobieranych przez aktywnie zarządzane fundusze inwestycyjne.

Pasywne zarządzanie portfelem inwestycyjnym, polegające zazwyczaj na odwzorowywaniu składu określonego indeksu rynkowego sprawia, iż koszty zarządzania (management fees) w funduszach ETF są zdecydowanie niższe niż w aktywnie zarządzanych tradycyjnych funduszach inwestycyjnych. Roczne stawki opłaty za zarządzanie w ETF wahają się w granicach od 0,05% do 1,60%, przy czym najczęściej wynoszą one w granicach od 0,15% do 0,40% - wyższe dotyczą np. funduszy ETF inwestujących na rynkach obarczonych wyższym ryzykiem inwestycyjnym (np. na rynkach wschodzących). W przypadku aktywnie zarządzanych funduszy inwestycyjnych koszty zarządzania sięgają przeciętnie od 1,0% do 2,5% (w przypadku fudnuszy akcyjnych w Polsce nierzadko wynoszą one nawet 4%).