W przypadku funduszy ETF odzwierciedlających zachowanie indeksów rynku instrumentów pochodnych do najważniejszych rodzajów ryzyka należą:

• ryzyko rynkowe – jest związane ze zmianami kursów instrumentów pochodnych zależnymi od ceny instrumentu bazowego. W porównaniu z typowym ryzykiem rynkowym charakterystycznym dla instrumentów bazowych (udziałowych lub dłużnych), w tym przypadku jest ono znacznie większe, gdyż lokowaniu aktywów funduszu w derywaty towarzyszy również ryzyko dźwigni finansowej. Zawarcie transakcji na rynku instrumentów pochodnych wymaga bowiem często wniesienia depozytu zabezpieczającego o wartości niższej niż wartość instrumentu bazowego, wskutek czego nawet niewielkie wahania kursów na rynku kasowym mają zwielokrotniony wpływ (zależny od stopnia dźwigni) na wartość inwestycji.
• ryzyko niedopasowania wyceny instrumentu pochodnego do wyceny instrumentu bazowego – wynika ono z faktu, że cena rynkowa instrumentu pochodnego może się okresowo różnić od jego wartości teoretycznej i różnica ta może pogorszyć rentowność inwestycji funduszu ETF w dany instrument pochodny w porównaniu z rentownością inwestycji w instrument bazowy w tym samym czasie.

W przypadku instrumentów pochodnych opartych na konkretnych instrumentach bazowych (np. akcjach, indeksach rynków akcji, obligacjach, walutach) istotne znaczenie może mieć również ryzyko charakterystyczne dla danego typu instrumentu bazowego (np. ryzyko stopy procentowej w przypadku kontraktów futures na obligacje) oraz ryzyko płynności (w szczególności dla mało płynnych kontraktów, dla których nie ma animatora rynku).

W przypadku inwestycji w instrumenty pochodne występują ponadto szczególne rodzaje ryzyka operacyjnego. Należą do nich przede wszystkim: ryzyko związane z zawieraniem i rozliczaniem transakcji tymi instrumentami oraz ryzyko przyjęcia błędnego modelu ich wyceny.