W przypadku funduszy ETF odzwierciedlających zachowanie indeksów rynków akcji do najważniejszych rodzajów ryzyka należą:

• ryzyko rynkowe (market risk) – wynika ono z faktu, iż ceny pojedynczych instrumentów o charakterze właścicielskim (akcji lub kwitów depozytowych spółek) notowanych na rynku giełdowym zależą od stanu koniunktury na całym rynku. Ryzyko to znajduje swoje odzwierciedlenie przede wszystkim w ryzyku zmian kursów akcji (bull-bear market risk). Pogorszenie się sytuacji na giełdzie papierów wartościowych, wywołane np. spadkiem koniunktury gospodarczej w kraju lub w danym sektorze, niekorzystnymi z punktu widzenia rynku kapitałowego działaniami państwa w sferze polityki monetarnej lub fiskalnej, obniżeniem ratingu danego kraju lub pogorszeniem atrakcyjności inwestycyjnej całego regionu (wywołane np. kryzysem finansowym w innym kraju danego regionu) może skutkować sprzedażą walorów przez część inwestorów, czego konsekwencją będzie spadek kursów akcji. Ryzyko rynkowe może się również przejawiać w postaci ryzyka wycofania kapitału, do którego może dojść w sytuacji, gdy w stosunku do danego rynku pojawia się rynek konkurencyjny, oferujący korzystniejsze możliwości ulokowania kapitału;
• ryzyko makroekonomiczne – jest zależne od kształtowania się podstawowych wskaźników makroekonomicznych (produktu krajowego brutto, produkcji przemysłowej, inwestycji, konsumpcji, eksportu i importu, inflacji, bezrobocia) określających konkurencyjność gospodarki danego kraju lub regionu w skali globalnej. Niekorzystne tendencje w kształtowaniu się tych wskaźników, bądź tylko obawy odnośnie ich wartości w przyszłości, mogą spowodować wycofanie się głównie zagranicznych instytucji finansowych z lokalnego rynku kapitałowego, a tym samym doprowadzić do spadku cen akcji na giełdzie.

Wymienione rodzaje ryzyka, wraz z ryzykiem stopy procentowej, ryzykiem kursowym, ryzykiem siły nabywczej, ryzykiem politycznym i ryzykiem wydarzeń składają się na tzw. ryzyko systematyczne (systematic risk) determinowane przez siły zewnętrzne, które nie podlega kontroli podmiotu znajdującego się w jego zasięgu i które nie może być wyeliminowane przez zarządzającego funduszem.

Jego przeciwieństwem jest ryzyko niesystematyczne, zwane także ryzykiem specyficznym (specific risk) obejmujące obszar działania danego podmiotu, które może być w znacznej mierze przezeń kontrolowane i które można ograniczyć za pomocą dywersyfikacji portfela. Jest to zatem ryzyko związane z działalnością spółki, które obejmuje ryzyko kredytowe, ryzyko niedotrzymania warunków, ryzyko finansowe, ryzyko bankructwa, ryzyko zarządzania (management risk) będące pochodną złego zarządzania przedsiębiorstwem oraz ryzyko biznesu (business risk) związane ze zmiennością dochodów osiąganych przez emitenta.

Najwyższy poziom opisanych powyżej rodzajów ryzyka występuje w akcyjnych funduszach ETF replikujących indeksy spółek charakteryzujących się niską kapitalizacją i niestabilną sytuacją finansową, cechujących się niskim stopniem dywersyfikacji prowadzonej działalności oraz działających na rynkach rozwijających się lub rynkach o niestabilnej sytuacji politycznej i gospodarczej. Ponadprzeciętnie wysokie ryzyko cechuje także sektorowe fundusze ETF (inwestujące w akcje firm należących do jednego sektora), których wyniki są uzależnione od koniunktury panującej w danej branży. Relatywnie niskim ryzykiem są natomiast obarczone fundusze ETF naśladujące zachowanie indeksów obejmujących renomowane spółki o ugruntowanej pozycji na rynku i wysokiej kapitalizacji rynkowej (tzw. blue-chips), generujące przychody z różnego rodzaju działalności i funkcjonujące na rynkach rozwiniętych.

Typowym ryzykiem przy inwestowaniu w akcje – także za pośrednictwem funduszy ETF – jest ryzyko rynkowej płynności (liquidity risk) występujące zwłaszcza przy bardzo niestabilnej sytuacji rynkowej. Polega ono na braku (lub bardzo ograniczonej) możliwości sprzedaży lub zakupu papierów wartościowych w krótkim okresie i w znaczącej ilości, bez istotnego wpływania na rynkową cenę instrumentu (spadek ceny w przypadku sprzedaży i wzrost ceny w przypadku zakupu). Może ono wynikać z nabywania przez fundusz mało płynnych aktywów lub być konsekwencją ryzyka polegającego na wysokiej koncentracji lokat w określone aktywa lub ekspozycji na określone rynki papierów wartościowych. Najwyższym ryzykiem płynności charakteryzują się fundusze ETF replikujące indeksy cechujące się niskim stopniem dywersyfikacji portfela inwestycyjnego, zwłaszcza posiadające stosunkowo duże pakiety akcji względnie niewielu spółek o niewielkiej kapitalizacji i znikomej płynności rynkowej. Najniższe ryzyko płynności dotyczy funduszy ETF o mocno zdywersyfikowanym portfelu inwestycyjnym oraz funduszy replikujących indeksy dużych, płynnych spółek.